Program MD FEB UGM menjalin kerja sama dengan perguruan tinggi dan instansi yang berada di dalam negeri. Kerja sama dilakukan dengan perguruan tinggi dan instansi dalam negeri yang memiliki reputasi tinggi sehingga diharapkan masing-masing pihak dapat memperoleh manfaat kerja sama dalam hal riset dan pengembangan akademik. Kerja sama dalam negeri yang terjalin antara lain sebagai berikut.
| BPPK (Badan Pendidikan dan Pelatihan Keuangan) | Kerja sama penyelenggaraan pendidikan |
| BPK (Badan Pemeriksaan Keuangan) | Kerja sama penyelenggaraan pendidikan |
| Kerja sama dengan Asosiasi Program Studi Ekonomi Pembangunan Indonesia (APSEPI) | Kerja sama penyelenggaraan FGD dan Serasehan Ekonom untuk Transparansi Indonesia (SEtiTI). |
| Kerjasama dengan Aliansi Program Doktor Manajemen Indonesia (APDMI) | Kerja sama penyelenggaraan Doctoral Colloquium and Seminar 2019. |
Kementerian Keuangan Republik Indonesia
|
Kerja sama penyelenggaraan pendidikan |
| Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) | Kerja sama penyelenggaraan pendidikan |
| PT. Pegadaian | Kerja sama penyelenggaraan Design Thinking Workshop |
| Badan Pengawas Keuangan dan Pembangunan (BPKP) | Kerja sama penyelenggaraan pendidikan |
| Universitas Cenderawasih (UNCEN) Papua | Kerja sama penyelenggaraan pendidikan |
| Fakultas Ekonomi Universitas Lampung (UNILA) | Kerja sama penyelenggaraan pendidikan |
| Otoritas Jasa Keuangan (OJK) | Kerja sama penyelenggaraan kuliah umum |
| Bank Indonesia (BI) | Kerja sama penyelenggaraan kuliah umum |
| Badan Perencanaan Pembangunan Nasional (BAPPENAS) | Kerja sama penyelenggaraan pendidikan |